भारत के नियंत्रक और महालेखा परीक्षक (CAG) ने एक रिपोर्ट में, देवेंद्र फडणवीस के नेतृत्व वाली भारतीय जनता पार्टी (भाजपा) सरकार के कार्यकाल के दौरान लिए गए नवी मुंबई में बुनियादी ढांचे के कार्यों पर कई फैसलों पर आपत्ति जताई है। मसौदा रिपोर्ट, जिसमें कथित तौर पर ₹9,000 करोड़ की परियोजनाओं में ₹1,101 करोड़ के काम पर आपत्ति जताई गई थी, पर गुरुवार को राज्य मंत्रिमंडल की बैठक में चर्चा की गई। इसे विधायिका में शामिल किया जाना बाकी है। फडणवीस अपनी टिप्पणी के लिए उपलब्ध नहीं थे।
31 मार्च, 2018 को समाप्त होने वाले राज्य के सार्वजनिक उपक्रमों पर अपनी रिपोर्ट में, सीएजी ने तीन प्रमुख बुनियादी ढांचा परियोजनाओं - नवी मुंबई मेट्रो रेलवे (एनएमएमआर), नेरुल-उरण रेलवे (एनयूआर) और नवी मुंबई इंटरनेशनल से संबंधित खामियों पर कई सख्ती से पारित किया है। हवाई अड्डा (NMIA) शहर और औद्योगिक विकास निगम (Cidco) द्वारा किया जाता है। नियोजन एजेंसी राज्य के शहरी विकास विभाग के अंतर्गत आती है।